Известно, что существование биоценозов в широком диапазоне изменений окружающей среды возможно благодаря их приспособительным изменениям - экологическим модификациям. Теория модификаций указывает на некоторые параметры экосистемы, которые характеризуют ее состояние. Однако, использовать их на практике практически невозможно (например, определение биоразнообразия в лесной экосистеме). Однако. исследователи указывают на аналогию между развитием биоценоза и онтогенезом организмов. В работе предлагается подход, когда на основании данной теории выделяются параметры, характеризующие состояние экосистем и формулируются соответствующие параметры для микроорганизмов, характеризующие их состояния. Теория модификаций обращает внимание на возможность использования показателей развития организмов для характеристики состояния экосистем. Показано, что всю экспериментальную часть работы возможно выполнить лишь при использовании спектральных методов исследования, позволяющих вести анализ клеток организмов без их разрушения и послойно.